PPA adalah badan antargereja, tidak berlindung dalam suatu aliran gereja tertentu. Ini tercermin dalam susunan badan pembina, pengurus, pengawas yayasan PPA, staf purnawaktu, dan para partner PPA dalam doa, daya, dan dana yang berasal dari berbagai aliran gereja. PPA bukan organisasi masa, tidak mempunyai anggota, tidak mendirikan gereja, bukan organisasi sosial-politik. PPA menyediakan tenaga pembina, bahan-bahan, dan program-program pembinaan untuk memfasilitasi pencapaian visi dan pelaksanaan misi PPA.